十六味马蔺子丸主要适用于治疗前列腺炎、尿路感染、膀胱炎等泌尿系统疾病，以及肾虚引起的腰膝酸软、夜尿频繁等症状。该药物具有清热解毒、利尿通淋的功效，可改善排尿困难、尿频尿急等症状。
1、前列腺炎
十六味马蔺子丸可用于缓解慢性前列腺炎引起的会阴胀痛、排尿灼热感。药物中含马蔺子、车前草等成分能抑制前列腺液白细胞增多，配合西药左氧氟沙星片使用时需间隔2小时。急性细菌性前列腺炎需联用抗生素治疗。
2、尿路感染
对于大肠杆菌等引起的下尿路感染，该成药可减轻尿痛、血尿症状。与三金片联用能增强抗菌效果，但妊娠期患者应禁用含马蔺子成分药物。治疗期间每日饮水量需保持2000毫升以上。
3、膀胱炎
间质性膀胱炎患者服用后可降低膀胱黏膜敏感度，改善尿急尿频。需注意与治疗膀胱过度活动症的琥珀酸索利那新片存在配伍禁忌，两者用药间隔需超过4小时。长期服用应定期检查肾功能。
4、肾虚证候
针对肾气不固导致的夜尿增多，药物中菟丝子、枸杞等成分能温补肾阳。但糖尿病肾病末期患者禁用，可能加重氮质血症。建议配合八段锦中的"两手攀足固肾腰"动作练习。
5、生殖系统炎症
对附睾炎、精囊炎等男性生殖系统慢性炎症，丸剂中的蒲公英、败酱草等有抗炎作用。急性发作期需联合头孢克洛干混悬剂治疗。用药期间禁止饮酒及辛辣饮食。
服用十六味马蔺子丸期间应保持会阴部清洁干燥，避免久坐和骑行运动。饮食宜清淡，多食用冬瓜、薏仁等利尿食材，限制咖啡因摄入。出现皮疹或消化道不适时应立即停药就医。老年患者及肝肾功能不全者需在中医师指导下调整剂量，不宜自行长期服用。
