服用幽门螺杆菌根除药物可能引起恶心、呕吐、腹泻、口苦及皮疹等副作用，主要与抗生素及抑酸药成分有关。
这是最常见的不良反应，患者服药后常感到胃部不适、恶心甚至呕吐。阿莫西林胶囊、克拉霉素片以及甲硝唑片等抗生素在杀灭细菌的同时，也会刺激胃肠黏膜，导致胃肠功能紊乱。部分患者还会出现腹部隐痛或腹胀感，通常症状较轻，停药后可自行缓解，若反应剧烈需及时咨询医生调整方案。
许多患者在治疗期间会感觉口中发苦或有金属味，严重影响食欲。这主要是克拉霉素片和甲硝唑片等药物代谢产物通过唾液分泌所致，属于暂时性现象。这种味觉障碍通常在停药后几天内消失，无须特殊处理，建议患者多饮水以加速药物代谢排出，保持口腔清洁可减轻不适感。
腹泻是另一类高频出现的副作用，表现为大便次数增多或性状变稀。广谱抗生素如阿莫西林胶囊和左氧氟沙星片在抑制幽门螺杆菌时，也会误伤肠道正常菌群，导致菌群失调。轻微腹泻可通过食用酸奶等富含益生菌的食物调节，若出现严重水样便或伴有发热，应立即就医以防脱水。
少数体质敏感者用药后可能出现皮肤瘙痒、红斑或荨麻疹等过敏症状。阿莫西林胶囊作为青霉素类药物，致敏风险相对较高，而克拉霉素片也可能引发皮疹。一旦发现皮肤异常，必须立即停止服药并前往医院就诊，切勿强行继续治疗，以免诱发严重的过敏性休克危及生命。
个别患者服用甲硝唑片或左氧氟沙星片后，可能出现头晕、头痛或失眠等神经系统表现。这类症状通常与药物透过血脑屏障产生轻微毒性有关，多在服药初期出现。建议患者在治疗期间避免驾驶车辆或操作精密仪器，保证充足睡眠，若症状持续加重不缓解，需由医生评估是否更换其他抗菌药物。
日常饮食应保持清淡易消化，避免辛辣刺激性食物加重胃肠负担，戒烟限酒以提高药物疗效并减少不良反应发生概率。治疗期间需注意休息，避免过度劳累导致免疫力下降，严格遵医嘱按时按量服药，不可随意增减剂量或中断疗程，以免导致细菌耐药或治疗失败。若出现严重不适症状，应及时复诊寻求专业医疗帮助，切勿自行购买药物处理。
