肉蔻五味丸的禁忌主要对孕妇、哺乳期妇女禁用，对该药成分过敏者禁用，肝肾功能不全者慎用，外感热病患者禁用。
1、孕妇及哺乳期女性
肉蔻五味丸含有多味中药材，药材成分活血行气的作用较强，可能会导致子宫收缩。孕妇服用后有引发流产的风险，哺乳期女性用药后药效成分可能通过乳汁影响婴儿生长发育。出现相关适应症时建议咨询医生选择替代治疗方案。
2、过敏体质者
药方中的肉豆蔻、土木香等成分可能引发皮肤瘙痒、红斑等过敏反应。既往对本品任一成分过敏者应禁用，过敏性体质者初次使用时需在医师指导下进行过敏测试。用药期间出现皮疹、呼吸困难等情况需立即停药就医。
3、肝肾功能异常者
药物代谢需要通过肝肾完成，慢性肝炎、肾炎患者服用可能加重器官负担。肝功能异常者可能影响药物代谢导致蓄积中毒，肾小球滤过率下降者排泄能力降低。此类人群如需使用应减量并监测肝肾功能指标。
4、外感发热患者
该药具有温中散寒功效，适用于虚寒证候。风热感冒伴高热、咽痛等症状时服用可能加重发热反应。临床表现为舌红苔黄、脉搏数快等实热证候者均不适宜，需待热证消退后在医师指导下使用。
5、特殊病理状态
充血性心力衰竭患者慎用可能影响水钠代谢，消化道溃疡活动期禁用可能刺激黏膜，重度高血压患者需警惕药物相互作用。糖尿病患者应注意丸剂中的辅料糖分含量，癫痫患者需评估药物对中枢神经系统的影响。
服用肉蔻五味丸期间应忌食生冷油腻食物，避免与阿司匹林等抗凝药物合用。用药两周症状无改善或出现恶心呕吐等不良反应时应停药就诊。贮藏时需置阴凉干燥处，注意检查药品性状变化，儿童应在成人监护下使用。慢性病患者用药前需向医师详细说明病史及当前用药情况。
