藿香正气丸使用时需要注意避免辛辣油腻食物、忌烟酒、过敏体质慎用、避免与其他药物混服、孕妇及儿童遵医嘱等事项。
服用藿香正气丸期间需忌口辛辣刺激及油腻食物，这类食物可能加重胃肠负担，影响药物吸收，降低解表化湿功效。服药期间建议选择清淡易消化的饮食，如小米粥、清蒸蔬菜等，有助于药物发挥疗效。
酒精可能改变药物代谢速度，烟草中的有害物质会刺激胃肠黏膜，与藿香正气丸中苍术、厚朴等成分相互作用。服药前后24小时内应严格禁酒，吸烟者也需尽量减少吸烟频次。
对广藿香油、紫苏叶等成分过敏者禁用，首次服用建议先服用半量观察。如出现皮肤瘙痒、红肿或呼吸困难等过敏反应，应立即停药并就医。过敏体质患者用药前需咨询医生。
避免与滋补类中药同服，防止药性相冲。与西药联用时需间隔2小时以上，特别是抗生素、降糖药等。正在服用抗凝药物或免疫抑制剂者，使用前必须获得医师指导。
孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下减量使用。3岁以下儿童禁用，6岁以下儿童需根据体重调整剂量。高血压、心脏病等慢性病患者服药期间需加强血压、心率监测。
服用藿香正气丸期间应保持充足休息，避免长时间暴露于高温环境。服药3天后若腹胀、呕吐等症状未缓解，或出现新发皮疹、心悸等不良反应，须及时就医。储存时需密封避光，置于儿童无法触及处，超过有效期或药丸变色变质时禁止使用。日常可配合饮用红豆薏米水辅助祛湿，但不宜与药物同服。
