在月经期间服用紧急避孕药通常不会造成额外的严重健康影响，但可能干扰正常的月经周期。
月经期间服用紧急避孕药，其核心成分大剂量孕激素的主要作用机制是抑制或延迟排卵、干扰受精卵着床。由于月经期本身处于子宫内膜脱落、激素水平较低的阶段，此时服药，药物对排卵的抑制作用可能因个体周期差异而显得不必要或效果不明确。药物引起的激素水平波动是导致月经紊乱的主要原因。这种紊乱可能表现为本次月经的经量或经期天数发生改变，例如经量突然增多或减少，经期延长或提前结束。更常见的影响是导致后续的月经周期变得不规律，下一次月经可能提前或推迟，这种影响可能持续一到两个周期。部分女性在服药后可能出现类似于经前期或早孕反应的症状，如恶心、乳房胀痛、疲劳和情绪波动，这些症状通常在几天内自行缓解。
尽管在月经期服用，紧急避孕药常见的副作用风险依然存在。最主要的担忧是异常子宫出血，可能表现为服药后几天内出现点滴出血或突破性出血，也可能导致后续月经淋漓不尽。对于本身存在未被察觉的妇科问题，如子宫内膜息肉、子宫肌瘤或内分泌疾病的女性，服用紧急避孕药可能诱发或加重不规则出血的症状。需要警惕的是，紧急避孕药无终止妊娠的作用，若服药前已有未察觉的极早期妊娠，服药是无效的。此外，紧急避孕药对已经存在的血栓性疾病风险有潜在影响，虽然概率低，但月经期女性若同时吸烟、肥胖或有血栓家族史，需格外注意。
紧急避孕药仅作为无保护性行为或避孕失败后的补救措施，不能替代常规避孕。若在月经期间因特殊情况服用，建议观察后续月经来潮情况。如果服药后出现严重腹痛、大量出血超过平时月经量、或月经推迟超过一周仍未来潮，应及时就医检查，以排除妊娠、宫外孕或其他妇科疾病。为维护生殖健康，应优先选择避孕套、短效口服避孕药等高效且副作用可控的常规避孕方法。
