益生菌是指给予一定数量的、能够对宿主健康产生有益作用的活的微生物，是目前临床上使用最为广泛的微生态制剂。2017年版《益生菌儿科临床应用循证指南》指出益生菌在临床上常用于胃肠道疾病、新生儿疾病、过敏性疾病等。益生菌为活的微生物，对抗菌药比较敏感，通常应避免与抗菌药同时服用（芽孢杆菌制剂、酪酸梭菌和布拉氏酵母菌可以和抗菌药同时服用）。若因病情需要，要求益生菌与抗菌药合用，应加大益生菌剂量或错开服药时间，最好间隔2-3小时以上。
蒙脱石散为胃肠粘膜保护剂，可吸附胃肠道内的细菌，因此益生菌与胃肠粘膜保护剂合用至少间隔1小时。
益生菌、蒙脱石和抗菌药同时服用时可首先服用抗菌药物，以杀灭病原菌，1小时后服用蒙脱石散等吸附性药物，来吸附和清除病原菌，再过1小时服用益生菌调节和恢复肠道菌群，发挥各自的最大疗效。
此外，益生菌不可以长期服用，长期使用或滥用会破坏儿童自生的益生菌群，导致肠道功能逐渐丧失自身繁殖有益菌的能力。
