婴幼儿百日咳的确诊需结合临床症状、实验室检查和流行病学史综合判断。典型表现为阵发性痉挛性咳嗽伴鸡鸣样回声，病程可持续2-3个月，医学上称为"百日咳综合征"。
临床诊断主要依据三大特征：咳嗽发作呈阵发性痉挛性，咳嗽末伴随高调鸡鸣样吸气性吼声，咳嗽后呕吐或面红耳赤。新生儿可能仅表现为呼吸暂停或发绀，需特别警惕。症状发展通常经历卡他期1-2周、痉咳期2-6周和恢复期2-3周三个阶段。
实验室确诊方法包括鼻咽拭子PCR检测百日咳鲍特菌DNA，该方法灵敏度达90%以上，是现行金标准。细菌培养阳性率随病程进展下降，发病3周后检出率不足50%。血清学检测IgG抗体需比较急性期和恢复期双份血清，适用于后期回顾性诊断。
对于未接种疫苗的密切接触者，即使症状不典型也应考虑疑似病例。2月龄以下婴儿出现不明原因呼吸暂停、抽搐或肺炎时，需立即进行百日咳相关检测。确诊患儿需隔离治疗至有效抗生素使用5天后，或痉咳开始后21天。
百日咳属于法定报告传染病，医疗机构发现病例后需24小时内网络直报。预防措施包括按时接种含百日咳成分的联合疫苗如DTaP，接触者预防性使用抗生素，以及孕妇孕晚期接种疫苗通过胎盘传递抗体保护新生儿。
