附子理中丸可以用于治疗脾胃虚寒所致的腹痛、呕吐、泄泻等症状，以及手足不温、脘腹冷痛等虚寒表现。
脾胃虚寒多由饮食生冷、劳累过度或久病耗伤阳气导致，表现为腹部隐痛、喜温喜按。附子理中丸中附子温补脾肾，干姜温中散寒，白术健脾益气，常用于慢性胃肠炎、功能性消化不良等疾病。部分患者可能伴有食欲减退或大便溏薄，可配合艾灸中脘穴增强疗效。
长期便溏或五更泄泻属脾肾阳虚证时适用。该药能改善肠鸣漉漉、完谷不化等症状，常见于肠易激综合征腹泻型或溃疡性结肠炎缓解期。需注意与感染性腹泻鉴别，后者需联合抗生素治疗。
胃部冷痛伴泛吐清水时，多因寒邪直中或阳虚内寒。该方对浅表性胃炎、胃溃疡属寒证者有效，能缓解胃部挛缩感。急性发作时应排除心肌梗死等急腹症。
表现为餐后饱胀、早饱感，属中医"痞满"范畴。方中党参调节胃肠蠕动，甘草抗溃疡，适用于动力障碍型消化不良。需配合少食多餐，避免油腻食物。
部分末梢循环障碍疾病出现手足厥冷时，该药能改善微循环。对继发于结缔组织病的血管痉挛需配合原发病治疗。
使用附子理中丸期间忌食生冷，孕妇及阴虚火旺者禁用。服药3天症状未缓解应就诊，腹痛伴发热或便血需立即就医。长期服用需监测肝肾功能，避免与半夏、瓜蒌等中药同用。日常注意腹部保暖，可饮用生姜红糖水辅助温中散寒。
