海马多鞭丸主要有补肾壮阳、益精填髓、强筋健骨等功效，适用于肾阳虚引起的性功能减退、腰膝酸软、头晕耳鸣等症状。
海马多鞭丸所含的海马、鹿鞭等成分具有温补肾阳的作用，可改善肾阳虚导致的阳痿早泄、畏寒肢冷等症状。其通过促进性激素分泌和增强局部血液循环发挥作用，但需注意阴虚火旺者禁用。
方中枸杞子、熟地黄等药材能滋补肾精，适用于精血不足引起的须发早白、记忆力减退。该功效与促进造血功能和调节下丘脑-垂体轴有关，服用期间建议避免辛辣刺激性饮食。
杜仲、牛膝等成分可补肝肾、强筋骨，缓解肝肾不足所致的腰腿疼痛、骨质疏松。其机制可能与促进骨形成和抑制骨吸收有关，建议配合适量负重运动增强疗效。
对于性欲低下、勃起障碍等性功能障碍，海马多鞭丸可通过调节神经内分泌功能改善症状。但需排除器质性疾病因素，且不宜与西药壮阳药同用。
该药对脾肾阳虚引起的五更泄泻、食欲不振也有辅助改善作用，含有的补骨脂、肉苁蓉可增强肠道吸收功能。服用期间需忌食生冷，避免削弱药效。
使用海马多鞭丸需严格遵医嘱，感冒发热时应停用，服药期间保持规律作息，避免过度劳累。阴虚体质或高血压患者慎用，若出现口干舌燥、心烦失眠等燥热表现应及时停药。建议搭配黑芝麻、核桃等食补，适度进行八段锦等温和运动以协同增效。
