归脾丸的副作用较少见，部分患者服用后可能出现口干、便秘、皮疹、恶心、腹胀等不适反应。
归脾丸中含有黄芪、党参等补气药材，药性偏温，部分体质偏热或阴虚火旺的患者服用后，可能因药物温燥之性导致体内津液消耗，从而出现口干舌燥的症状。此类情况通常表现为咽喉干燥、口渴欲饮，若症状轻微，可通过适量增加饮水量来缓解，若口干持续不缓解或伴有其他不适，建议暂停用药并咨询医生调整方案。
由于归脾丸具有益气健脾的功效，其成分中的白术等药材具有燥湿作用，对于本身肠道津液不足或习惯性便秘的人群，长期或过量服用可能导致大肠传导功能减弱，引起大便干结、排便困难等便秘症状。患者在服药期间应注意观察排便情况，日常可适当增加富含膳食纤维的蔬菜水果摄入，保持规律作息，若便秘严重需及时就医，切勿自行长期使用泻药。
个别过敏体质的患者在服用归脾丸后，可能对药物中的某些成分产生过敏反应，导致皮肤出现红斑、丘疹、瘙痒等皮疹症状。这种情况属于个体差异引起的免疫反应，一旦发现皮肤异常，应立即停止服用该药物，避免抓挠患处以防感染，并及时前往医院皮肤科或开诊科室就诊，由专业医生评估过敏程度并给予相应的抗过敏治疗指导。
归脾丸作为中成药，部分脾胃虚弱或对药物气味敏感的患者在空腹服用时，可能会刺激胃黏膜，引发胃部不适、反酸或恶心呕吐等症状。为了减少此类胃肠道反应，建议在饭后半小时左右用温开水送服，避免空腹用药，同时服药期间应忌食生冷、油腻及辛辣刺激性食物，以减轻胃肠负担，若恶心症状剧烈且伴有腹痛，须立即停药就医。
虽然归脾丸主要用于治疗心脾两虚引起的食欲不振，但若患者本身存在湿阻中焦或气滞严重的情况，盲目进补可能导致滋腻碍胃，反而加重脾胃运化负担，出现腹部胀满、嗳气频作等腹胀现象。此类患者应在医生指导下辨证施治，可能需要搭配行气消滞的药物共同使用，服药期间应保持饮食清淡易消化，少食多餐，避免暴饮暴食导致症状加剧。
服用归脾丸期间，患者应保持饮食清淡，避免食用生冷、油腻及辛辣刺激性食物，以免影响药效或加重胃肠道负担。日常应注意劳逸结合，保证充足的睡眠时间，避免过度劳累和精神紧张，有助于改善心脾两虚的状态。若服药后出现上述任何不适症状且持续不缓解，或者症状加重，应立即停止用药并及时前往正规医院就诊，在专业医生的指导下进行辨证论治，切勿自行随意增减剂量或长期盲目服用，以确保用药安全有效。同时，感冒发热病人不宜服用本品，高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者应在医师指导下服用。
