尼帕病毒目前尚无特效抗病毒药物，治疗主要以支持疗法为主，具体措施包括呼吸支持、循环支持、控制颅内压、镇静镇痛及预防继发感染。
尼帕病毒感染人体后主要侵犯中枢神经系统和呼吸系统，临床表现为发热、头痛、嗜睡、意识模糊等脑炎症状以及咳嗽、呼吸困难等呼吸道症状。由于缺乏针对性的抗病毒特效药，医疗干预的核心在于维持患者生命体征平稳，为机体免疫系统清除病毒争取时间。呼吸支持是救治重症患者的关键措施，对于出现严重肺炎或急性呼吸窘迫综合征的患者，需及时给予氧疗或机械通气，以改善缺氧状态，防止多器官功能衰竭。循环支持同样至关重要，部分患者会出现低血压或休克，需要通过补液和使用血管活性药物来维持血压稳定，保证重要脏器的血液灌注。控制颅内压是降低病死率的重要环节，尼帕病毒易引起严重的脑水肿，医生会根据病情使用脱水剂来降低颅内压力，减轻脑组织损伤，避免脑疝形成。镇静镇痛处理有助于缓解患者因高热、头痛及躁动带来的痛苦，减少机体耗氧量，防止因剧烈躁动加重病情或造成意外拔管等二次伤害。预防继发感染也是治疗过程中的必要步骤，重症患者免疫力低下且常需侵入性操作，合理使用抗生素可以预防细菌性肺炎或尿路感染等并发症，但需严格遵医嘱避免滥用。
面对尼帕病毒这种高致死率的传染病，日常预防远重于治疗，公众应避免接触蝙蝠及其污染的食物，不饮用生椰枣汁，处理动物分泌物时做好防护。一旦出现发热伴神经系统症状，须立即前往具备隔离条件的医疗机构就诊，并主动告知流行病学史。家属需配合医护人员做好隔离消毒工作，照顾患者时务必佩戴防护装备，注意手卫生，保持室内通风，对患者排泄物进行规范处理，切断传播途径，同时关注患者心理状态，给予必要的安抚与支持，积极配合医疗团队开展综合支持治疗。
