灰指甲甲真菌病的诊断通常需要结合临床表现和实验室检查。怀疑灰指甲时，建议进行以下检查以明确诊断。
真菌直接镜检是首选检查方法。取病甲碎屑或甲下角质，使用氢氧化钾溶液处理后显微镜观察，若发现菌丝或孢子可确诊。该方法快速经济，但无法区分真菌种类。
真菌培养可明确致病菌类型。将病甲标本接种于沙氏培养基，观察菌落形态和颜色变化，结合显微镜鉴定菌种。培养周期约2-4周，对后续针对性用药有指导意义，但阳性率较镜检低。
甲组织病理学检查适用于疑难病例。取甲板或甲床组织进行PAS染色，可在甲板各层发现真菌结构。该方法准确性高，但属于有创检查，通常用于镜检和培养阴性但临床高度怀疑的情况。
分子生物学检测如PCR技术能快速鉴定真菌DNA，灵敏度高，但成本较高，多用于科研或特殊菌种鉴定。皮肤镜检查可作为辅助手段，观察甲板特有的条纹、凹陷等特征性改变。
少数情况下需进行共聚焦激光扫描显微镜检查，实时观察甲板内真菌结构，但设备普及率低。需注意与银屑病甲、扁平苔藓甲等非真菌性甲病进行鉴别诊断。
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