四神丸主治脾肾阳虚引起的五更泄泻、肠鸣腹胀、食少不化、久泻不止等疾病。
四神丸针对脾肾阳虚导致的五更泄泻有显著效果。五更泄泻表现为黎明前腹痛、肠鸣即泻，泻后痛减，常伴形寒肢冷。方中补骨脂温补肾阳，肉豆蔻涩肠止泻，吴茱萸温中散寒，五味子收敛固涩，四药配伍可温补脾肾、固肠止泻。遵医嘱使用可改善晨起腹泻症状。
该药对脾肾阳虚型肠鸣腹胀具有调理作用。患者多见腹部冷痛、肠鸣辘辘、胀满不适，进食生冷后加重。方中肉豆蔻能温中行气，吴茱萸可散寒止痛，配合补骨脂振奋脾肾阳气，能有效缓解因阳气不足导致的胃肠功能紊乱。需注意与湿热型腹胀鉴别使用。
适用于脾肾阳虚引起的消化不良症状。患者常见食欲减退、饭后脘闷、完谷不化。四神丸通过补骨脂温补肾阳以助脾运，肉豆蔻醒脾开胃，五味子收敛固摄，共同恢复脾胃运化功能。需与积食、肝郁气滞等证型区分，阴虚内热者禁用。
对脾肾两虚导致的慢性腹泻有固涩作用。症见大便溏薄、迁延不愈、肛门坠胀。补骨脂与五味子协同发挥温肾固肠之效，佐以吴茱萸温中止泻，适用于病程超过两个月的虚寒型泄泻。急性感染性腹泻或痢疾患者不宜单独使用。
可辅助改善肾阳虚衰的全身症状。除消化道表现外，还可见腰膝冷痛、夜尿频多、畏寒肢冷等。补骨脂作为君药直接温补肾阳，配伍他药形成脾肾双补之效。但需注意与金匮肾气丸等专补肾阳方剂的区别，严重肾阳虚者需联合用药。
服用四神丸期间应忌食生冷油腻，注意腹部保暖，避免过度劳累。慢性腹泻患者可配合艾灸关元、足三里等穴位增强疗效。若服药一周症状未缓解或出现口干咽痛等热象，应立即停用并就医。脾肾阳虚者平时可适量食用山药、芡实、羊肉等温补食材，适度进行八段锦等舒缓运动以固护阳气。
