藿香正气丸主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿引起的胃肠型感冒。该中成药具有解表化湿、理气和中的功效，可缓解头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症状。
藿香正气丸中的广藿香、紫苏叶等成分可发散风寒，适用于吹风受凉后出现怕冷发热、鼻塞流清涕等症状。伴随胃肠不适时常见食欲减退、舌苔白腻，儿童可能出现大便稀溏。风寒夹湿者需配合保暖避风，症状持续需就医排除流感。
因饮食生冷或淋雨涉水导致湿浊困脾时，表现为脘腹满闷、恶心厌食、舌苔厚腻。方中白术、茯苓等健脾祛湿，陈皮、厚朴能行气消胀。需忌食油腻甜食，若腹泻超过3次或出现口干尿少等脱水表现应及时补液。
夏季暑湿侵袭引起的发热汗少、头身困重、胸闷口渴适用。半夏、甘草可和胃止呕，白芷辅助解表。高温环境下作业者出现中暑前兆时，应移至阴凉处补充电解质，意识模糊者禁用本药。
对非感染性胃肠痉挛、功能性消化不良出现的腹胀肠鸣有效。大腹皮、桔梗能调节胃肠蠕动，但腹痛伴血便、持续呕吐或发热超过38.5℃需排查急性胃肠炎等疾病。
旅行途中因饮食环境变化引起的轻度腹泻、食欲不振可短期使用。成分中的生姜、大枣能调和脾胃，建议配合清淡饮食，若便血或持续水样泻需检测寄生虫或细菌感染。
服用藿香正气丸期间应忌生冷油腻，风寒感冒者服药后宜饮热粥助药力。高血压、心脏病患者及孕妇慎用，酒精过敏者选择不含乙醇的剂型。服药3天症状无改善或出现皮疹、心悸等反应应立即停药就诊。夏季预防性服用时建议咨询中医师辨证，不可替代防暑降温措施。胃肠道症状缓解后可适量食用山药、薏苡仁等健脾食材辅助恢复。
