藿香正气丸主要适用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿导致的胃肠型感冒，以及晕车晕船引起的呕吐、腹泻等不适症状。
藿香正气丸对于胃肠型感冒引发的头痛昏重、胸膈痞闷、腹胀腹痛等症状有缓解作用。这类患者多因夏季贪凉饮冷或饮食不洁，导致外感风寒与湿浊内阻同时存在。用药期间需注意避风保暖，避免进食生冷油腻食物。
长途旅行或异地居住时出现呕吐腹泻、食欲不振等水土不服症状，可在医生指导下使用。该药所含广藿香油能抑制胃肠蠕动，紫苏叶油可促进消化液分泌，帮助调理胃肠功能。建议旅途前备药，症状轻微时及时干预。
夏季高温高湿环境下出现恶心呕吐、肠鸣腹泻的暑湿证候适用。方中白术、茯苓可健脾祛湿，半夏、陈皮能和胃止呕。但需注意与中暑区别，若出现高热无汗、意识模糊等重度中暑症状须立即就医。
因暴饮暴食或食用变质食物引起的脘腹胀满、嗳气酸腐可用此药辅助治疗。厚朴、大腹皮能行气导滞，甘草调和诸药。不过严重食物中毒伴有发热或血便时，应及时进行抗感染治疗。
乘车船时出现眩晕呕吐等晕动症状，可提前服用预防。其中白芷具有镇静作用，生姜止呕效果显著。但孕早期妇女及2岁以下婴幼儿禁用，过敏体质者需谨慎。
服用藿香正气丸期间应禁食生冷、油腻及难以消化食物。酒精过敏者禁用含酒精剂型，可选择丸剂或软胶囊。慢性病患者及孕妇使用前需咨询医师，症状持续3天无缓解或加重时应及时就诊。日常注意饮食卫生，夏季避免长时间暴露于高温环境，外出时可随身携带以防突发不适。
