粪瘘通常需要通过临床检查结合影像学检查确诊。主要检查方式包括肛门指检、亚甲蓝试验、影像学检查如盆腔CT或MRI、内镜检查如结肠镜以及瘘管造影。
肛门指检是初步筛查手段，医生通过戴手套的手指探查肛门及直肠下端，判断瘘管走向、内口位置及周围组织硬度。约70%的肛瘘可通过指检发现异常条索状物或压痛区域。
亚甲蓝试验适用于疑似复杂瘘管病例。将稀释的亚甲蓝溶液经外口注入瘘管，通过直肠内放置的纱布染色情况判断内口位置。该检查能直观显示瘘管走行，但对高位瘘管检出率约60%。
影像学检查中，盆腔CT可显示瘘管与周围肌肉组织的空间关系，对合并脓肿的检出率达90%以上。MRI具有更高软组织分辨率，能清晰显示肛提肌上方瘘管分支，是复杂型粪瘘的首选检查，准确率超过95%。
内镜检查主要用于排除肠道原发病变。结肠镜可观察全结肠黏膜，发现克罗恩病溃疡或肿瘤等病因。对于直肠阴道瘘，需联合阴道镜检查评估瘘口情况。
瘘管造影通过向瘘管注入造影剂后进行X线摄片，能动态显示瘘管分支走向，但对操作者技术要求较高，临床使用率约40%。超声检查对表浅瘘管有一定价值，但深部瘘管显像效果有限。
特殊情况下需进行排粪造影，适用于怀疑直肠脱垂或盆底肌功能障碍导致的粪瘘。检查时需在直肠内灌注造影剂，动态观察排便过程中盆底结构变化。
