衣原体感染多数情况下经过规范治疗可在1-3周内痊愈。具体治愈时间与感染部位、个体免疫力及治疗依从性密切相关，及时用药可有效缩短病程。
泌尿生殖道衣原体感染采用抗生素治疗约需7-14天，呼吸道感染如肺炎衣原体疗程通常延长至10-21天。眼部感染包涵体性结膜炎局部用药配合口服药物时，症状多在5-7天缓解。治疗期间需复查病原体检测，确认转阴后方可停药。
合并其他性传播疾病、免疫功能低下或存在慢性基础疾病者恢复较慢。不规范用药易导致衣原体持续存活，可能引发盆腔炎、附睾炎等并发症，此时需调整药物并延长疗程至4周以上。妊娠期感染需选择安全药物，治疗周期与普通人无异
治疗期间应避免性接触直至双方均治愈，每日更换消毒内裤。恢复后建议补充含益生菌的发酵乳制品，适度进行快走、瑜伽等温和运动增强抵抗力，保证每日饮水2000毫升以上促进代谢。
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