五味麝香丸具有清热解毒、消肿止痛的作用，主要用于治疗热毒壅盛引起的咽喉肿痛、牙龈肿痛等症状。
1、清热解毒
五味麝香丸中的麝香、诃子等成分具有明显的清热解毒作用。麝香作为君药能开窍醒神、活血散结，诃子可敛肺止咳、生津止渴，两者配伍有助于清除体内热毒。适用于热毒内盛导致的咽喉炎、口腔溃疡等疾病，能缓解局部红肿热痛症状，临床常与穿心莲胶囊、蒲地蓝消炎片等药物联合使用。
2、消肿止痛
该药中的草乌、木香等成分可发挥抗炎镇痛功效。草乌能祛风除湿、温经止痛，木香行气止痛，对牙龈炎、扁桃体炎等引起的局部肿胀疼痛具有缓解作用。使用时需注意过敏反应，不宜与含川乌、草乌的中成药如小活络丸同服。
3、治疗咽喉疾病
对急性咽炎、慢性咽炎急性发作等咽喉部感染性疾病有较好疗效。药中人工麝香能抑制金黄色葡萄球菌等致病菌生长，诃子鞣质可收敛消肿。临床可见用药后咽干、咽痛症状减轻，常与蓝芩口服液、六神丸等药物配合使用。
4、改善口腔炎症
适用于牙龈炎、牙周炎等口腔黏膜炎症。药物中的土木香可抑制前列腺素合成，减轻组织水肿，草乌总生物碱能阻断疼痛传导。使用期间推荐配合复方氯己定含漱液保持口腔卫生，避免辛辣刺激性食物。
5、调节免疫反应
部分研究表明方中成分可能通过调节T淋巴细胞活性减轻过度免疫反应。对复发性口腔溃疡等与免疫相关的黏膜病变可能具有辅助治疗作用，但需进一步临床验证。用药时应注意监测肝肾功能，避免长期大剂量服用。
使用五味麝香丸期间应忌食辛辣油腻食物，避免加重热毒症状。体质虚弱者慎用，孕妇及哺乳期妇女禁用。服药期间出现恶心、皮疹等不良反应应及时停用并就医。建议在医生指导下与其他清热解毒类药物联合使用，治疗期间保持充足休息，适当饮用金银花露等清凉饮品有助于增强疗效。
