跖疣上药三天后出现刺痛可能是药物刺激或局部炎症反应引起的正常现象，若伴随红肿、溃烂需及时停药就医。跖疣由人乳头瘤病毒感染足底皮肤导致，常见治疗药物包括水杨酸软膏、氟尿嘧啶软膏等。
使用水杨酸软膏等腐蚀性药物时，可能因溶解角质层刺激真皮神经末梢产生刺痛感，属于药物起效的正常反应。部分患者对药物成分敏感，可能出现局部皮肤发红、灼热感，通常1-2天可自行缓解。氟尿嘧啶软膏通过抑制病毒增殖发挥作用，用药初期可能引起轻微刺痛，但不应出现持续性剧痛。若疼痛持续加重或出现水疱、渗液，提示可能存在药物过敏或继发感染。
少数情况下刺痛可能提示不良反应。糖尿病患者或周围神经病变患者因感觉异常，可能对疼痛反应迟钝，易发生过度腐蚀。免疫抑制人群使用抗病毒药物时，可能因皮肤屏障受损合并细菌感染。儿童皮肤较薄，药物渗透速度过快可能导致异常疼痛反应。跖疣合并足癣时，抗病毒药物可能加重真菌感染区域的刺激症状。
建议保持患处干燥清洁，避免撕扯脱皮组织。选择透气鞋袜减少摩擦，夜间用药后可覆盖无菌纱布。若持续刺痛超过72小时或出现化脓、发热，需立即停用药物并至皮肤科就诊。冷冻治疗或激光治疗可作为药物不耐受患者的替代方案，具体治疗方案需由医生根据疣体大小和位置评估。
