清除HPV目前尚无特效药物，主要依靠自身免疫力，辅助治疗方式主要有干扰素、咪喹莫特、氟尿嘧啶、光动力疗法、手术治疗。
人乳头瘤病毒持续感染可能导致宫颈病变或生殖器疣，干扰素具有抗病毒和调节免疫的作用。该药物通常用于辅助治疗由高危型或低危型人乳头瘤病毒引起的感染，有助于抑制病毒复制并增强局部免疫反应。临床常使用重组人干扰素α2b凝胶或栓剂，适用于病毒感染早期或术后预防复发，需在医生指导下规范使用，不可自行盲目用药。
人乳头瘤病毒感染引发尖锐湿疣时，咪喹莫特是常用的外用免疫调节剂。它能诱导局部产生细胞因子，激活免疫系统识别并清除受感染的细胞。此药主要用于治疗外生殖器和肛周的尖锐湿疣，对于清除可见疣体效果较好。使用时需严格遵循医嘱涂抹于患处，避免接触正常皮肤，部分患者可能出现局部红肿或糜烂等反应，属于正常药理作用过程。
当人乳头瘤病毒导致顽固性尖锐湿疣或癌前病变时，氟尿嘧啶可作为化疗药物局部应用。它通过干扰病毒DNA合成来抑制异常细胞增殖。该药物多制成软膏形式，针对体积较大或复发性疣体进行点涂治疗。由于具有一定腐蚀性和刺激性，必须严格控制使用范围和频次，防止损伤周围健康组织，孕妇及备孕人群禁止使用此类药物。
人乳头瘤病毒潜伏感染或亚临床感染难以通过普通药物彻底清除，光动力疗法利用特定波长光照激活光敏剂产生毒性氧自由基。这种方法能精准破坏被病毒感染的细胞而不伤及正常组织。治疗时需先涂抹氨基酮戊酸光敏剂，待吸收后再进行激光照射，常用于宫颈、尿道口等特殊部位的病毒清除，能有效降低复发率，但治疗过程中可能会有疼痛感。
若人乳头瘤病毒感染引起巨大尖锐湿疣或高级别上皮内瘤变，物理切除是快速去除病灶的手段。手术方式包括激光烧灼、冷冻治疗、电切术或利普刀锥切等。这些方法能直接移除含有大量病毒的病变组织，为后续免疫清除创造条件。术后仍需配合药物巩固治疗以防复发，且手术仅针对可见病变，无法直接杀灭潜伏在基底层的病毒，术后护理至关重要。
日常生活中应保持良好的作息习惯，避免熬夜和过度劳累，以维持正常的免疫功能。饮食上要均衡摄入蔬菜水果和优质蛋白，少吃辛辣刺激食物，戒烟限酒有助于减少病毒活跃程度。注意个人卫生，勤换内衣裤，保持会阴部清洁干燥，避免不洁性行为以防止交叉感染或重复感染。定期前往医院进行复查，监测病毒载量变化及宫颈细胞学情况，一旦发现异常及时处理，切勿轻信偏方或自行购买药物滥用，以免延误病情或造成不必要的身体损伤。
