溶菌酶肠溶片的禁忌主要有对溶菌酶过敏者禁用、严重肾功能不全者禁用、患有急性胰腺炎者禁用、消化道溃疡活动期禁用、孕妇及哺乳期妇女慎用。
1、过敏者禁用
对于溶菌酶肠溶片中任何成分过敏的人群，均禁止使用该药物。过敏反应可能表现为皮疹、瘙痒、面部或喉部水肿，严重时可导致过敏性休克。如果患者对其他酶类药物存在过敏史，用药前应主动告知医生，避免发生交叉过敏反应。用药期间如出现过敏症状，应立即停药并就医。
2、严重肾功能不全
严重肾功能不全患者由于肾脏代谢和排泄功能严重受损，可能导致药物在体内蓄积，增加不良反应发生的风险。这类患者使用溶菌酶肠溶片可能加重肾脏负担，甚至导致肾功能进一步恶化。肾功能不全患者如需使用该药物，必须在医生严格监控下调整剂量。
3、急性胰腺炎
急性胰腺炎患者胰腺处于炎症状态，消化酶分泌异常。此时使用溶菌酶肠溶片可能干扰胰腺的正常恢复过程，甚至加重胰腺炎症。急性胰腺炎患者应优先治疗原发病，待病情稳定后再考虑是否使用溶菌酶肠溶片。
4、消化道溃疡活动期
消化道溃疡活动期患者黏膜存在破损，溶菌酶肠溶片可能刺激溃疡面，延缓溃疡愈合。这类患者使用该药物可能引起腹痛加剧、消化道出血等不良反应。建议溃疡活动期患者先治疗溃疡，待溃疡愈合后再遵医嘱决定是否使用本药。
5、孕妇及哺乳期慎用
目前缺乏足够临床研究证明溶菌酶肠溶片对胎儿和哺乳期婴儿的安全性。孕妇及哺乳期妇女除非必须使用，否则应当避免用药。如确有需要，应在医生充分评估获益与风险后谨慎使用，并密切监测可能的不良反应。
除上述禁忌外，使用溶菌酶肠溶片期间应注意观察身体反应，如出现不适应及时就医。服药期间应保持规律作息，避免辛辣刺激性食物，戒烟限酒。糖尿病患者用药时应加强血糖监测，运动员应注意该药物可能含有违禁成分。所有用药均应严格遵医嘱，不可自行增减剂量或延长疗程。
