清瘟解毒丸主要用于治疗风热感冒及流行性感冒引起的发热、头痛、咳嗽、咽痛等症状。其主要功效包括清热解毒、疏风散表，适用于外感风热或温病初起时的病症表现。
风热感冒多因外感风热邪气所致，常见发热重、微恶风、头胀痛、咽喉肿痛等症状。清瘟解毒丸中的连翘、金银花等成分能疏散风热，缓解咽干口燥。患者可能伴有鼻塞黄涕、舌尖红等表现，用药期间需避免辛辣刺激食物。
流行性感冒由流感病毒引起，症状较普通感冒更重，可能出现高热、肌肉酸痛、乏力等全身症状。该药通过板蓝根、石膏等成分抑制病毒复制，帮助缓解急性期症状。若持续高热超过3天或出现呼吸困难需及时就医。
对于急性支气管炎、扁桃体炎等上呼吸道感染，该药可减轻炎症反应。药理研究显示其组分对链球菌、葡萄球菌等常见致病菌有抑制作用。伴随咳嗽痰黄时，可与化痰药物配合使用。
中医瘟病范畴中的时行感冒、疫毒袭肺等早期症状，如突发高热、面赤烦躁等，可用该药截断病势。方中黄芩、栀子等能清泻肺胃实热，玄参、知母则滋阴生津以防伤阴。
儿童疱疹性咽峡炎出现口腔疱疹、拒食时可辅助使用。该药通过抗病毒和免疫调节作用缩短病程，但需注意儿童用药需减量，服药后出现腹泻应停药。
使用清瘟解毒丸期间应保持充足休息，每日饮水1500毫升以上以促进代谢。饮食宜清淡，推荐食用梨粥、百合银耳羹等润肺食物，避免油腻厚味。服药3天后症状无改善或出现皮疹、心悸等不良反应时应停药就医。风寒感冒者禁用该药，高血压、心脏病患者及孕妇需在医师指导下使用。
