清瘟解毒丸主要用于治疗外感风热引起的感冒、流行性感冒、咽喉肿痛等病症，具有清热解毒、疏风解表的功效。常见适应证包括风热感冒、急性咽炎、流行性腮腺炎等。
清瘟解毒丸适用于风热感冒初期，症状表现为发热重、微恶风、头胀痛、咽喉红肿疼痛、咳嗽痰黏或黄。其成分中的连翘、板蓝根等能抑制流感病毒复制，减轻鼻塞流涕症状。用药期间需避免与滋补类中药同服，如出现高热不退应及时就医。
对于风热袭肺导致的急性咽炎，该药可缓解咽部灼热疼痛、吞咽困难等症状。方中黄芩能抑制咽喉部炎症反应，桔梗可促进痰液排出。服药期间需禁食辛辣刺激食物，若咽痛伴随化脓性扁桃体炎需联合抗生素治疗。
针对流行性腮腺炎初期出现的腮腺肿胀疼痛，清瘟解毒丸能通过抗病毒作用减轻腺体炎症。所含柴胡成分具有调节免疫功效，但若出现睾丸肿痛等并发症时需及时转西医治疗。
适用于手足口病早期口腔疱疹伴低热症状，药物中的栀子能抑制肠道病毒活性。使用时应配合物理降温，当出现持续高热或神经系统症状时须立即停用并住院治疗。
对柯萨奇病毒引起的咽峡部疱疹，药物可通过解毒作用缩短病程。服药期间需保持口腔清洁，若出现拒食脱水等重症表现需静脉补液支持。
使用清瘟解毒丸期间应饮食清淡，多饮温水促进代谢。风寒感冒者禁用，用药3天后症状无缓解或加重需停用就诊。老年体弱患者及儿童应在医师指导下减量使用，避免与降压药、降糖药同服。储存时需密封防潮，开封后性状改变应弃用。
