婴儿健脾散可能出现食欲减退、大便异常等副作用，通常与个体差异、药物成分、服用剂量、体质敏感、配伍禁忌等因素有关。
婴幼儿消化系统发育不完善，对药物代谢能力较弱。部分儿童服用健脾散后可能出现腹胀或排便次数减少，建议观察48小时症状变化，必要时暂停用药。
方剂中的白术、山药等药材可能引发过敏反应。临床报道显示约3%患儿出现皮肤红疹，需立即停药并用炉甘石洗剂外涂，严重过敏需口服氯雷他定。
超说明书剂量使用会导致肠道菌群紊乱。研究数据表明每日超过2包可能引发稀便，规范用药应遵循每公斤体重0.1克的标准，分三次温水冲服。
脾胃虚寒体质儿童更易出现不良反应。这类患儿服药后常见手足发凉、肠鸣音亢进，建议配合生姜水送服，或改用参苓白术散等温和剂型。
与抗生素联用可能降低药效。头孢克肟等药物会破坏健脾散中的活性成分，两药需间隔2小时服用，避免引发恶心呕吐等消化道症状。
使用期间建议选择小米粥、南瓜泥等易消化辅食，避免生冷油腻食物。每日可进行顺时针腹部按摩促进药物吸收，出现持续腹泻或拒食超过24小时需就医检查。哺乳期母亲应同步调整饮食结构，减少海鲜、坚果等易致敏食物的摄入。定期监测患儿体重增长曲线，确保药物获益大于风险。
