藿香正气水具有解表化湿、理气和中的作用，主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所导致的胃肠型感冒。
1、解表散寒
藿香正气水中的紫苏叶、白芷等成分能发散风寒，缓解恶寒发热、头痛无汗等表证。适用于淋雨、吹空调后受寒引起的鼻塞流涕，可帮助扩张毛细血管促进排汗。需注意服药期间避免进食生冷，风寒感冒初期配合热粥饮用效果更佳。
2、化湿和胃
方中苍术、厚朴能燥湿健脾，改善脘腹胀满、呕吐泄泻等湿阻中焦症状。对夏季贪凉饮冷导致的胃肠功能紊乱效果显著，常见舌苔白腻、食欲减退等表现。但不适宜用于湿热型腹泻，此类患者服用可能加重症状。
3、理气止痛
陈皮、半夏等药材具有行气降逆功效，能缓解恶心呕吐、肠鸣腹痛等气机失调症状。现代研究显示该药可通过调节胃肠平滑肌收缩改善功能性消化不良，但对器质性病变如肠梗阻无效。
4、祛暑辟秽
藿香挥发油成分对暑湿秽浊之气有化解作用，可预防和治疗中暑引起的头晕胸闷。高温环境下作业前服用能减少热痉挛发生概率，但已出现高热昏迷者需立即送医。
5、抑菌抗炎
体外实验表明其乙醇提取物对金黄色葡萄球菌、痢疾杆菌等常见肠道致病菌有抑制作用，能减轻急性胃肠炎的炎症反应。但细菌性痢疾等严重感染仍需联合抗生素治疗。
服用藿香正气水期间应忌食油腻辛辣，酒精过敏者禁用。药液含40%-50%乙醇，服用后不得驾驶机动车辆。治疗3天后症状未缓解或出现皮疹、心悸等不良反应应及时停药就医。暑热季节可常备该药，但不宜长期连续使用超过7天。
