慢性结肠炎若不及时治疗可能引发肠梗阻、营养不良和癌变风险增加。长期炎症刺激会导致肠道功能紊乱和结构损伤，危害程度随病程延长逐渐加重。
肠道黏膜持续充血水肿可能发展为肠腔狭窄。炎症反复发作形成瘢痕组织，使肠壁弹性下降，部分患者会出现不完全性肠梗阻，表现为腹胀、排便困难。急性发作期可能进展为完全性肠梗阻，需急诊手术解除阻塞。
长期腹泻影响营养吸收可能导致贫血和消瘦。炎症肠段吸收功能受损，蛋白质、维生素B12等营养素吸收障碍，部分患者出现低蛋白血症。儿童患者可能伴随生长发育迟缓，成年患者易发生骨质疏松。
持续10年以上的病变可能增加结直肠癌风险。炎症反复修复过程中上皮细胞异常增生，尤其是全结肠型病变患者癌变率达正常人群的10-15倍。定期肠镜监测能早期发现不典型增生病变。
病程超过8年的患者可能出现中毒性巨结肠等严重并发症。肠壁神经节细胞受损导致肠管扩张，伴随发热、心动过速等全身中毒症状，需紧急医疗干预。少数患者会继发肠穿孔或脓毒血症。
病变活动期可能诱发关节疼痛和皮肤损害等肠外表现。约20%患者出现外周关节炎，5%发生结节性红斑。这些症状与免疫复合物沉积有关，在肠道炎症控制后多能自行缓解。
