菟丝子的禁忌主要有阴虚火旺者禁用、孕妇慎用、过敏体质者慎用、不宜与特定药物同用、过量使用可能引起不良反应等。建议遵医嘱使用，避免自行用药。
菟丝子性温，具有补肾益精的功效。阴虚火旺者体内阴液不足，阳气偏亢，服用菟丝子可能加重口干咽燥、潮热盗汗等症状。这类人群需避免使用菟丝子，可选择滋阴降火类中药如六味地黄丸、知柏地黄丸等替代。使用前应咨询中医师辨证施治。
菟丝子虽为传统安胎药材，但现代医学认为其活性成分可能影响激素水平。妊娠早期胚胎发育敏感阶段尤其需要谨慎，不当使用可能导致子宫收缩或影响胎儿发育。孕妇用药必须经专业医师评估，不可自行服用任何中药制剂。
部分人群可能对菟丝子所含的黄酮类、多糖类成分过敏，使用后可能出现皮肤瘙痒、红疹或呼吸道不适等过敏反应。有过敏史者初次使用应从小剂量开始观察，出现过敏症状需立即停用并就医。临床可遵医嘱使用氯雷他定片等抗过敏药物缓解症状。
菟丝子与抗凝药华法林钠片同用可能增强出血风险，与降压药苯磺酸氨氯地平片同服或致血压过低。其含有的植物雌激素成分还可能影响激素类药物疗效。正在服用西药者需间隔2小时以上使用，合并用药前务必告知医生用药史。
长期大剂量服用菟丝子可能导致头晕、恶心、食欲减退等不适，严重时或引发肝功能异常。建议单日用量不超过10克，连续使用不超过2个月。出现不适症状应立即停用，必要时遵医嘱服用护肝片等药物进行干预。
使用菟丝子期间应保持饮食清淡，避免辛辣刺激性食物，适当增加山药、黑芝麻等平补类食材。规律作息有助于药物吸收，避免熬夜耗伤肾精。服药后出现持续不适需及时就医，定期复查肝肾功能。储存时需置阴凉干燥处，防止霉变影响药效。
