附睾囊肿手术后可能出现阴囊肿胀、疼痛、感染、血肿或复发等后遗症。手术方式主要有囊肿切除术和穿刺抽吸术，后遗症风险与手术操作及个体恢复情况相关。
附睾囊肿切除术后阴囊肿胀较为常见，多因局部组织创伤或淋巴回流受阻导致，通常术后数周内逐渐消退。疼痛感可能持续数日，与神经末梢刺激有关，轻微疼痛可通过休息缓解。开放性手术创面较大时可能发生切口感染，表现为红肿热痛或渗液，需及时抗感染处理。血肿形成与术中止血不彻底相关，小血肿可自行吸收，较大血肿需穿刺引流。囊肿复发多因囊壁残留或新发囊肿形成，复发概率与手术彻底性相关。
穿刺抽吸术创伤较小但复发率较高，术后可能出现短暂性坠胀感或少量出血。极少数情况下可能损伤输精管导致生育功能受影响，或引发附睾硬结影响精子输送。合并基础疾病如糖尿病者感染风险增加，术后需加强切口护理。术中若误伤精索血管可能引发出血或睾丸萎缩，需紧急处理。反复穿刺可能造成局部粘连，增加后续手术难度。
术后应保持会阴部清洁干燥，避免剧烈运动或重体力劳动至少两周。穿着宽松棉质内裤减少摩擦，冰敷可缓解肿胀疼痛。饮食宜清淡富含优质蛋白促进伤口愈合，如鱼肉蛋奶等。定期复查超声监测恢复情况，出现持续发热、剧烈疼痛或异常分泌物需及时就医。术后一个月内禁止性生活及盆浴，避免骑跨动作以防创面撕裂。
