打完疫苗后48小时内不建议进行核酸检测。疫苗注射可能刺激免疫系统产生短暂反应，导致鼻咽部分泌物中暂时出现病毒核酸片段，可能造成假阳性结果。
灭活疫苗含有病毒蛋白质外壳或核酸片段，接种后这些成分可能通过淋巴循环进入上呼吸道黏膜。核酸检测使用的聚合酶链反应技术极其敏感，可能将疫苗残留成分误判为活病毒核酸。临床数据显示，接种后24-48小时出现假阳性的概率最高，72小时后基本无影响。
灭活疫苗如新冠疫苗由于含有完整病毒核酸片段，干扰风险较大；重组蛋白疫苗如乙肝疫苗因不含核酸物质，通常不影响检测结果；mRNA疫苗理论上不会干扰核酸检测，但为谨慎起见仍建议保持相同间隔期。腺病毒载体疫苗的载体基因可能被检出，需特别注意间隔时间。
接种疫苗后应保持充足休息，避免剧烈运动加速疫苗成分扩散。核酸检测前可用生理盐水漱口减少口腔分泌物干扰，但不可使用抗菌漱口水以免破坏样本有效性。若遇紧急检测需求，应主动告知近期疫苗接种史，实验室可采用特殊处理方式排除干扰。日常仍需继续做好戴口罩等防护措施，疫苗接种后2周才能形成有效免疫保护。
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