藿香正气合剂主要用于缓解外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿引起的头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症状，其主要作用有解表化湿、理气和中、止呕止泻、调节胃肠功能、辅助退热等。
藿香正气合剂中的藿香、紫苏等成分具有发散表邪的作用，可改善因外感风寒导致的恶寒发热、头痛鼻塞等症状。白芷能增强解表效果，适用于夏季淋雨或空调受凉后的不适。
厚朴、陈皮等药材能宽中下气，缓解胃肠气滞引起的脘腹胀满、嗳气反酸。半夏配合茯苓可健脾祛湿，对饮食不节导致的消化不良有效。
大腹皮与白术配伍可双向调节肠道功能，既能改善湿滞型腹泻，又能缓解水土不服引起的呕吐。生姜发挥温中止呕作用，对晕车晕船引发的恶心有缓解效果。
方中苍术、甘草等成分能促进消化液分泌，增强肠道蠕动，适用于暴饮暴食或进食生冷后出现的功能性胃肠紊乱。所含挥发油成分对致病性大肠杆菌等有抑制作用。
对于暑湿型低热伴有头身困重的情况，可通过发汗解表帮助降温。但不适用于高热或明确感染性发热，此时须配合抗生素等治疗。
服用藿香正气合剂期间应忌食生冷油腻食物，避免加重湿滞症状。酒精过敏者慎用含乙醇剂型，糖尿病患者可选择无糖制剂。胃肠型感冒初期配合热粥发汗可增强疗效，若服药三天症状未缓解或出现脱水、高热等情况需及时就医。夏季可备用于旅行腹泻应急处理，但不应替代病原性腹泻的特异性治疗。
