肛门畸形多数情况下可以通过规范治疗达到临床治愈。治疗效果主要与畸形类型、严重程度及治疗时机有关，常见干预方式包括手术矫正、功能训练和长期随访管理。
先天性肛门畸形如肛门闭锁、直肠会阴瘘需在新生儿期进行手术重建。肛门直肠成形术是主要术式，通过重建肛门位置和直肠通道恢复解剖结构。术后需配合扩肛训练防止狭窄，约80%患儿可获得正常排便功能。中低位畸形预后较好，高位畸形可能需分期手术。
后天性肛门畸形如产伤性肛门撕裂、炎症性狭窄治疗需结合病因。瘢痕性狭窄可采用肛门成形术联合生物补片修复，创伤后畸形需在感染控制后行瘢痕松解术。术后需保持创面清洁，使用润肠药物辅助排便功能恢复。
功能康复是治愈关键环节。术后2周开始规律扩肛，持续3-6个月预防挛缩。排便训练需建立定时如厕习惯，配合盆底肌电刺激改善括约肌协调性。严重失禁者可考虑骶神经调节术。
少数复杂病例可能遗留排便控制障碍。合并脊柱畸形或神经源性膀胱者需多学科联合治疗。建议术后每3-6个月复查肛门直肠测压和超声评估功能，青春期需关注二次发育对功能的影响。
出现排便困难、反复感染或肛门失禁时应及时就医。三甲医院小儿外科或结直肠外科可提供个体化治疗方案，早期规范干预能显著改善远期生活质量。
