藿香正气合剂主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，可缓解头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症状。
藿香正气合剂适用于胃肠型感冒患者。此类患者多因外感风寒或暑湿侵袭，导致胃肠功能紊乱，表现为上腹部胀满、恶心呕吐、腹泻水样便等症状。药物中的广藿香、紫苏等成分能散寒化湿，陈皮、白术可理气健脾，帮助缓解胃肠不适。需注意服药期间避免生冷油腻食物。
夏季高温环境下出现轻度中暑时，藿香正气合剂可解暑化湿。常见症状包括头晕头痛、胸闷恶心、四肢乏力等。药物中的广藿香油、白芷等具有芳香化湿作用，能促进汗液蒸发散热。但对于重度中暑伴高热昏迷者，需立即就医。
因异地旅行或环境变化引起的水土不服症候群，可选用藿香正气合剂调理。症状多为食欲减退、腹胀腹泻、精神萎靡等。方中茯苓、大腹皮能利水渗湿，半夏可和胃止呕，帮助适应新环境。建议搭配清淡饮食并保证充足休息。
藿香正气合剂对晕动症引起的眩晕呕吐有一定缓解作用。其机制可能与抑制前庭神经兴奋性有关，药物中的生姜、甘草可温中止呕。乘车船前30分钟服用效果较佳，但严重晕动症患者需联合其他止吐药物使用。
由饮食不洁或感染导致的非细菌性急性胃肠炎，若表现为湿浊内阻型症状（如腹痛不甚、呕吐清水、苔白腻等），可短期使用藿香正气合剂辅助治疗。但对细菌性感染伴发热脓血便者无效，需及时采用抗生素治疗。
使用藿香正气合剂期间应忌食辛辣刺激及生冷食物，避免加重胃肠负担。服药后症状未见缓解或出现皮疹、心悸等不良反应时需停药就医。高血压、心脏病等慢性病患者及孕妇应在医师指导下服用，不可与头孢类抗生素同服以免发生双硫仑样反应。
