藿香正气片可能存在副作用，常见不良反应包括胃肠不适、皮肤过敏等，特殊人群需谨慎使用。
藿香正气片含苍术、陈皮等成分，可能刺激胃肠黏膜，部分患者服药后会出现恶心、腹胀或腹泻。胃肠功能较弱者建议餐后服用，出现持续腹痛需停药就医。该药不宜与辛辣食物同服，可能加重消化道反应。
个别患者对广藿香、白芷等中药成分敏感，可能引发皮疹、皮肤瘙痒等过敏反应。过敏体质者首次服用应减半剂量观察，出现荨麻疹或面部水肿应立即停药，必要时需使用抗组胺药物缓解症状。
配方中的半夏具有镇吐作用，但过量可能引起嗜睡、头晕等中枢神经系统症状。驾驶员或高空作业者应避免服用，服药期间禁止饮酒，酒精会增强中枢抑制作用。
甘草中的甘草酸可能影响电解质平衡，长期大剂量服用会导致低钾血症。糖尿病患者需监测血糖，与降糖药联用可能增强药效，出现心悸、冷汗等低血糖症状时应及时处理。
孕妇禁用该药，其中厚朴可能刺激子宫收缩。哺乳期妇女服药期间应暂停母乳喂养，儿童用药需严格遵医嘱减量。肝肾功能不全者代谢能力下降，易发生药物蓄积中毒。
服用藿香正气片期间应保持清淡饮食，避免生冷油腻食物影响药效。服药3天后症状未缓解或出现新发症状需及时就诊，与其他药物联用需间隔2小时以上。夏季防暑时建议优先采取物理降温措施，中暑重症患者不宜单纯依赖该药物治疗。储存时需密封避光，性状发生改变时禁止使用。
