藿香正气丸主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的胃肠型感冒。主要适应证包括中暑、胃肠型感冒、呕吐腹泻、脘腹胀痛、头痛昏重等，也可用于晕车晕船引起的恶心呕吐。
藿香正气丸适用于夏季高温环境引起的中暑症状，如头晕头痛、胸闷恶心、乏力口渴等。其组方中的广藿香、紫苏叶能解表散暑，半夏陈皮可化湿和胃。注意重度中暑出现高热昏迷时需立即送医，不可单纯依赖该药。
对风寒湿邪侵袭胃肠导致的感冒有缓解作用，尤适用于伴有食欲不振、恶心呕吐、肠鸣腹泻等症状。方中白术茯苓健脾利湿，厚朴大腹皮行气消胀，可改善胃肠功能紊乱。但细菌性肠胃炎需配合抗生素治疗。
针对湿浊中阻引起的非感染性消化道症状有效，如急性胃肠炎初期的水样便、反复呕吐等。药物所含甘草浸膏能抑制肠道平滑肌痉挛，白芷可镇痛止呕。若出现血便、持续高热或脱水症状应及时就医。
可缓解饮食不节或寒湿困脾导致的腹部胀满疼痛，其苍术、陈皮能促进胃肠蠕动，半夏可降逆止呕。但需排除胆囊炎、胰腺炎等器质性疾病，服药3天无效或疼痛加剧者应进行腹部超声检查。
对乘车船引发的眩晕恶心有预防和缓解作用，主要通过调节前庭-自主神经功能实现。乘车前30分钟服用效果较好，严重呕吐者可配合生姜片含服。癫痫、梅尼埃病等器质性眩晕需针对病因治疗。
使用藿香正气丸期间应忌食生冷油腻，过敏体质者需警惕广藿香、白芷等成分可能引发的皮疹。高血压、心脏病患者及孕妇慎用，服药后出现心慌、浮肿应停药就医。治疗胃肠症状时建议配合口服补液盐预防脱水，饮食宜选择小米粥、面条等易消化食物。若症状持续超过3天或伴有40℃以上高热、意识障碍、血便等危重表现，须立即前往医院急诊科就诊。
