藿香正气丸的注意事项主要有药物禁忌人群、不良反应应对、饮食禁忌、药物相互作用以及储存条件这五点。
藿香正气丸含有乙醇成分，乙醇过敏者禁用。孕妇及哺乳期女性须在医生指导下谨慎使用。儿童、年老体弱者需调整剂量，避免过量服用导致头晕、恶心等不适。患有高血压、心脏病、肝病、糖尿病等慢性病患者，用药前应咨询医师。
部分患者服药后可能出现皮疹、瘙痒等过敏反应，应立即停药并就医。服用期间若出现嗜睡、口干等轻微症状，可减少药量或遵医嘱调整用药方案。如发生严重呕吐、腹泻加重等不良反应，需及时就医处理。
服药期间应避免辛辣、油腻及生冷食物，以免加重胃肠负担。禁止与头孢类抗生素同服，可能引发双硫仑样反应。服药前后8小时内不宜饮酒，防止乙醇成分与酒精叠加导致不适。
藿香正气丸不宜与镇静催眠药同用，可能增强中枢抑制作用。与降糖药联用需监测血糖，防止低血糖风险。正在服用抗凝药物的患者需间隔2小时以上使用，避免影响药效。
藿香正气丸需密封避光保存，放置于阴凉干燥处，温度不超过30摄氏度。需放在儿童无法接触的地方，防止误食。若发现药丸变色、变味或性状改变，即使未过期也应停止使用。
服用藿香正气丸期间应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。饮食宜清淡易消化，适量增加温开水摄入帮助药物代谢。服药3天后症状未缓解或加重时，应及时就医调整治疗方案。用药期间出现任何异常表现都应记录症状特点及持续时间，为医生提供诊断依据。
