六君子丸的功效主要有健脾益气、和胃消食、燥湿化痰、补中益气、改善脾胃虚弱等。
六君子丸中的党参和白术具有健脾益气的功效，能够帮助改善因脾胃虚弱导致的食欲不振和消化不良。党参能增强脾胃功能，白术则有助于促进消化液分泌，两者协同作用可提升整体消化能力。脾胃功能改善后，人体对营养物质的吸收效率也会相应提高。
该药所含的茯苓和甘草具有和胃消食的作用，可缓解胃脘胀满和嗳气等症状。茯苓能利水渗湿，减轻胃部不适感，甘草则可调和诸药，保护胃黏膜。对于饮食积滞引起的胃部不适，六君子丸能起到良好的缓解效果。
半夏和陈皮在方剂中发挥燥湿化痰的功效，适用于痰湿阻滞导致的咳嗽痰多等症状。半夏能燥湿化痰、降逆止呕，陈皮可行气健脾、化痰止咳。两药合用能有效改善呼吸道痰湿症状，特别适合痰湿体质者使用。
六君子丸整体具有补中益气的功效，能改善气虚引起的乏力、气短等症状。方中党参、白术补脾益气，茯苓健脾渗湿，甘草调和补中，诸药协同可增强体质。长期脾胃虚弱导致的气虚症状，服用此药后可得到明显改善。
该成药对脾胃虚弱引起的各种症状均有改善作用，如食欲减退、腹胀腹泻等。通过健脾益气、和胃消食等多重作用机制，能全面调理脾胃功能。脾胃为后天之本，脾胃功能改善后，全身各系统的功能也会随之增强。
使用六君子丸时应遵医嘱，脾胃虚弱者平时应注意饮食规律，避免生冷油腻食物，适当进行散步等温和运动以促进脾胃运化功能。保持良好作息习惯，避免过度劳累，有助于药物发挥最佳疗效。若症状持续或加重，应及时就医进行进一步诊治。
