肛瘘的诊断主要依靠临床症状和医学检查。医生会根据患者的肛门疼痛、分泌物增多、反复感染等症状，结合肛门指检、肛门镜检查、影像学检查等手段进行综合判断。
肛瘘的典型症状包括肛门周围出现肿块、疼痛、分泌物增多、反复感染等。患者可能会感到肛门部位不适，尤其是在排便时疼痛加剧。肛门指检是初步诊断的重要方法，医生通过手指触摸肛门及周围组织，可以初步判断是否存在瘘管。肛门镜检查能够更直观地观察肛门内部情况，帮助发现瘘管的开口位置。影像学检查如核磁共振成像MRI或超声检查，能够清晰显示瘘管的走向和深度，为手术方案的制定提供依据。
在诊断过程中，医生还需要排除其他可能引起类似症状的疾病，如肛周脓肿、痔疮等。肛周脓肿通常表现为肛门周围红肿、疼痛，但脓肿破裂后可能会形成肛瘘。痔疮则主要表现为肛门出血、疼痛和肿块，但一般不会形成瘘管。通过详细的病史询问和体格检查，医生可以更准确地判断是否为肛瘘。
诊断肛瘘后，医生会根据患者的具体情况制定治疗方案。早期诊断和及时治疗可以有效减少并发症的发生，提高治愈率。患者应注意保持肛门部位的清洁卫生，避免久坐和过度用力排便，以减少对肛门组织的刺激。饮食上应多摄入富含纤维的食物，保持大便通畅，避免便秘和腹泻。适当的运动也有助于促进血液循环，增强身体抵抗力。
