肛门闭锁多数情况下可以治愈，具体取决于畸形类型、严重程度及是否合并其他先天性疾病。通过手术重建肛门功能，配合术后康复训练，多数患儿可获得正常排便能力。
1、单纯性低位肛门闭锁：
此类畸形直肠盲端距离会阴皮肤较近，治愈率超过90%。新生儿期行会阴肛门成形术后，排便功能通常接近正常。术后需定期扩肛防止狭窄，坚持排便训练至学龄前。注意观察有无污粪现象，及时调整饮食结构，增加膳食纤维摄入。
2、中高位闭锁合并瘘管：
直肠盲端位置较高或合并直肠尿道瘘等情况，需分期手术。先行结肠造瘘解除梗阻，6个月后实施肛门直肠成形术。术后可能出现暂时性排便失禁，通过生物反馈训练和提肛运动，约70%患儿在青春期前能建立自主控便能力。需预防泌尿系感染，定期评估骶神经功能。
3、复杂畸形合并脊柱异常：
伴有骶骨发育不良或脊髓栓系综合征者预后较差。即使成功实施肛门重建手术，也可能遗留顽固性便秘或失禁。需要多学科协作治疗，包括神经外科干预、肠道管理计划。此类患儿需终身进行肠道功能训练，必要时采用灌肠辅助排便。
术后护理需注重肛门清洁，使用温水冲洗代替擦拭。饮食上增加火龙果、燕麦等富含膳食纤维的食物，控制奶制品摄入量。每日进行提肛运动和腹部按摩，建立固定排便时间。学龄期患儿可参与游泳等增强盆底肌力的运动，定期复查肛门直肠测压和超声检查。合并脊柱畸形者需避免剧烈跳跃运动，防止加重神经损伤。
