肝脓肿的诊断主要依据临床表现、影像学检查和实验室检查结果综合判断。典型表现为发热、右上腹痛、肝区叩击痛，结合超声或CT显示肝内液性暗区，血液检查可见白细胞升高、C反应蛋白增高等炎症指标异常。
肝脓肿的诊断标准主要有以下方面。持续发热伴寒战是肝脓肿的常见症状，体温多超过38.5℃，热型呈弛张热或间歇热。右上腹疼痛多为钝痛或胀痛，可向右肩部放射，肝区叩击痛阳性率超过90%。约半数患者出现消化道症状如恶心、呕吐、食欲减退。
影像学检查是确诊的关键依据。超声检查可发现肝内单个或多个低回声区，脓肿壁呈强回声，内部可见液性暗区。CT平扫显示肝内低密度病灶，增强扫描可见环形强化，中央无强化区为脓液积聚。MRI在T1加权像呈低信号，T2加权像呈高信号，弥散加权成像有助于鉴别恶性肿瘤。
实验室检查显示炎症指标显著升高。外周血白细胞计数常超过10×10⁹/L，中性粒细胞比例升高。C反应蛋白多大于50mg/L，降钙素原水平升高提示细菌感染。肝功能可能出现转氨酶轻度升高，胆红素升高见于胆源性肝脓肿。
病原学检查可明确致病微生物。血培养阳性率约50%，脓液培养阳性率可达70%。阿米巴肝脓肿患者血清阿米巴抗体检测阳性。胆源性肝脓肿胆汁培养可发现肠道菌群。
少数不典型病例需进行鉴别诊断。原发性肝癌坏死液化在影像学上可能类似肝脓肿，但增强扫描强化方式不同。肝囊肿合并感染临床表现与肝脓肿相似，但既往多有肝囊肿病史。肝结核、肝包虫病等也需要通过病原学或血清学检查加以区分。
